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农业部沼气科学研究所主要从事生物质能资源开发及综合利用技术研究,厌氧微生物应用基础理论和应用技术研究,工业有机废水、城镇生活污水、大型畜禽养殖场废弃物的厌氧消化处理及达标排放研究。该所曾承接了养猪场、养牛场、养鸡场、屠宰场、酒厂及柠檬酸等有机废水处理的大中型沼气工程和城镇生活污水净化沼气池。