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测定了长江华溪蟹3个亚种,包括指名亚种,桐柏亚种和陕县亚种共39个样本的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因部分的序列.重建的系统发生结果显示,长江华溪蟹分化成2个分支,一支代表雄性第1腹肢末节呈平直型的指名亚种支;另一支则代表雄性第1腹肢末节弯向背内方的内弯型支,包括稍向内弯的桐柏亚种和明显内弯的陕县亚种在内.在内弯型支内,桐柏亚种和陕县亚种之间的遗传距离为0.018,是两大分支间的1/10.提示长江华溪蟹COI基因的遗传分化与其雄性第1腹肢末节弯曲程度的形态分化基本一致.