目的:建立黄连-黄芩药对的UPLC-MS/MS指纹图谱分析方法,为其整体质量控制与评价、药效物质基础、配伍规律等研究提供科学依据。方法:采用UPLC-MS/MS法进行指纹图谱研究,使用ACQUITY UPLC BEH C18色谱柱（2.1 mm×100 mm,1.7μm）,以0.2%甲酸水-乙腈为流动相,梯度洗脱80 min,流速0.3 m L·min^-1,柱温40℃,获得12批黄连-黄芩药对的色谱图。利用国家药典委员会颁布的"中药色谱指纹图谱相似度评价系统"2004A版对其进行相似度评价。结果:建立了黄连-黄芩药对UPLC-MS/MS指纹图谱的共有模式,确定了16个共有峰,通过比较对照品和参考文献,指认了7个共有峰分别为黄连碱、表小檗碱、盐酸药根碱、黄芩苷、盐酸小檗碱、盐酸巴马汀、汉黄芩苷,对12批不同产地和品种的黄连-黄芩药对相似度进行了考察,其相似度均>0.9。结论:建立了黄连-黄芩药对UPLC-MS/MS指纹图谱分析方法,其精密度、重复性及稳定性良好（RSD<3%）,该分析方法的建立对于黄连-黄芩药对的质量控制与评价、药效物质基础、配伍规律等研究具有一定的参考价值和意义。