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目的:建立和优化分离不同碱基数目硫代脱氧寡核苷酸的有效方法。方法:用去离子水溶解硫代脱氧寡核苷酸样品并采用核酸蛋白分析仪定量。在无胶筛分毛细管电泳分离分析之前超声波和高速离心脱气。无胶筛分毛细管电泳以线性大分子ssDNA100RGel作为分离介质。为得到最佳效果,对毛细管温度、分离电压、进样方式和进样时间进行了优化。结果:灵敏度、迁移时间和重现性的最佳实验条件为:毛细管温度25℃,电动进样10kV10s,DAD检测器波长为255nm,18kV恒压分离模式。在此条件下,成功分离了依次相差一个碱基的21种脱氧寡核苷酸[pd(A)4060]。结论:建立并优化了一种简单快速分离相差单个碱基的脱氧寡核苷酸的毛细管电泳方法。