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应用L16（44）正交实验优化番茄EST-SSR标记PCR反应体系。结果表明：20μL体系中各反应物最适浓度为：DNA模板45ng/20μL,引物0.75μmol/L,Mg2＋2.0mmol/L,dNTPs0.4mmol/L,Taq DNA酶0.5U/20μL,且Mg2＋对该标记反应体系影响最大。利用5对EST-SSR引物及P1、P2基因组DNA验证优化体系的可靠性,为该标记在番茄基因组分子标记辅助育种提供了试验依据。