基于IBS算法预测亲缘关系准确性研究

来源 :生物化学与生物物理进展 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dave463
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目的 评估基于状态一致性(identity-by-state,IBS)算法预测个体间亲缘关系的准确性.方法 采用Illumina GSA芯片对253份样本进行全基因组检测,基于高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据计算两两个体间IBS共享统计量预测亲缘关系.通过不同条件参数筛选SNP,评估位点数对算法预测准确性的影响.结果 1~4级亲缘关系预测准确率高达99%,预测误差在1级以内且无假阳性.SNP数量减少对预测准确率无显著影响,即使在较低密度的SNP标记中,该算法也能获得较高的准确率.结论 IBS算法是法医系谱推断的有效方法,且对于微量降解的法医现场检材具有很好的应用价值.
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受到妊娠周期的影响,乳腺组织在雌性哺乳动物一生中经历着妊娠-哺乳-退化的周期性发育变化.在乳腺退化到再次泌乳的过程中,乳腺细胞经历凋亡和更新,从而实现乳腺组织的自我更新和修复,即乳腺重构.重构期间乳腺在组织结构和生理过程中发生显著变化,但该过程物种间差异较大.乳用家畜为维持泌乳,妊娠期和干奶期重叠,展示出独特的再生性乳腺重构.再生性乳腺重构对乳畜乳腺健康和下一周期的泌乳具有重要意义,研究此过程将为后续调控乳腺自我更新和改善乳腺健康提供思路.本综述总结了近年来动物乳腺重构的研究进展,系统归纳了影响乳腺重构的
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