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在知识经济环境下，创新已成为推动人类社会经济发展的重要因素，我国政府顺应时代变革于“十二五”规划中将发展创新作为产业结构调整，及国家、地区经济发展的重要推动力量。我国西部地区区域创新机制运行效率偏低导致地区竞争力弱，本文以西部地区差异性资源禀赋和现有区域创新为基础，对西部地区创新系统运行现状进行实证分析，并对其效率进行分类和评价。