目的了解广东省地市级疾控机构实验室应急检测能力现状和存在的问题。方法采用问卷调查的方式获取22个地市级疾控中心实验室人员和试剂储备、42种传染病病原分离培养及PCR核酸检测能力和14种常见毒素检测能力信息。用描述流行病学方法对数据进行分析,采用非参数Kruskal-Wallis法比较各疾控机构检测项目数差异,用Pearson相关法分析可检测项目数与人均国内生产总值的相关关系。结果广东省地市级疾控机构具备常见传染病病原体及毒素的检测能力,欠缺非常见和新发传染病检测能力。珠三角地区疾控机构实验室人员比例相对较大,试剂储备相对充裕,在实验室应急检测能力上总体优于粤东、粤西和中部山区,差异有统计学意义(χ2=11.933,P<0.01),在PCR病原核酸检测技术上该优势尤为明显。可开展检测项目总数与当地人均国内生产总值呈中度正相关(r=0.759,P<0.01)。结论广东省地市级疾控机构能满足常规应急检测需要,但部分地区实验室能力有待进一步提高。加大人员、经费和设备的投入是提高实验室检测能力的重要手段。