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为充分了解引进羊驼的遗传多样性和系统发育关系,本试验采集了新疆3个地区（阿勒泰市青河县、塔城市和天山野生动物园）39只羊驼血液样品,对其线粒体D-loop基因进行了扩增和测序,得到长度为733bp的片段序列,群体单倍型多样度（Hd）为0.954,核苷酸多样性（Pi）为0.0091,基因流（Nm）为1.97。39条序列共定义了25种单倍型,其中单倍型H7是群体共享最多的单倍型。3个地区羊驼群体之间的遗传距离很小,为0.002~0.003;羊驼与美洲驼、原驼、骆马间的遗传距离为0.002、0.004、0.01