【摘 要】
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目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,筛选结肠癌显著差异表达进而显著影响结肠癌患者预后的基因突变群。方法从TCGA数据库下载结肠癌单核苷酸突变数据和表达谱数据,在R 3.5.
【基金项目】
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国家重点基础研究发展计划973计划(No.2015CB554001);国家自然科学基金青年科学基金项目(No.81802434);第二军医大学精准医学转化应用研究专项项目(No.2017JZ19)
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目的利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,筛选结肠癌显著差异表达进而显著影响结肠癌患者预后的基因突变群。方法从TCGA数据库下载结肠癌单核苷酸突变数据和表达谱数据,在R 3.5.0环境下,利用wilcoxon秩和检验法筛选单核苷酸突变后表达显著差异的基因,利用survival程序包筛选单核苷酸突变后显著影响生存预后的基因,最后将两者结果取交集,为突变后表达水平有显著性差异合并生存率有显著差异的基因。对该基因群进行瀑布图可视化,分析其主要突变类型、突变影响、突变和临床病理因素相关性。结果共发现42个差异具有
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