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对蛋白质序列筛选算法进行了研究，针对蛋白质数据库中存在大量的冗余序列，提出了一种基于隐马尔可夫模型的蛋白质序列筛选算法。详细阐述了在蛋白质数据库中如何建立隐马尔可夫模型。对模型中主要参数的求解和估计给出了主要计算公式。然后利用所建立的模型对蛋白质数据库进行的序列筛选测试，测试结果表明本文设计的算法对同源蛋白质序列筛选精度达到了95％以上。