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【目的】了解羊肚菌白霉病发生对土壤真菌群落结构的影响。【方法】采用Illumina Mi Seq 高通量测序技术，对未栽培羊肚菌土壤、正常生长羊肚菌和染白霉病羊肚菌根际土真菌群落结构进行研究。【结果】结果表明，9个样品共得到393 347条有效序列。未栽培羊肚菌土壤真菌多样性指数和丰度显著大于羊肚菌根际土，染病羊肚菌根际真菌丰度和多样性大于正常生长的羊肚菌，各样品的群落组成和优势类群有较大差异。【结论】羊肚菌栽培后真菌多样性降低，白霉病发生后根际真菌种类增多，土壤真菌群落结构发生变化，优势真菌类群也产生了较大变化。