【摘 要】
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利用Illumina NovaSeq 6000对云南栘(木衣)进行高通量转录组测序,使用MIcro SAtellite identification tool (MISA)分析转录组中SSR位点分布类型与特征.组装获得云南移(木衣)
【机 构】
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西南林业大学林学院,云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室,昆明,650224;云南省墨江西岐桫椤省级自然保护区管护局,普洱,654800;普洱市林科所
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利用Illumina NovaSeq 6000对云南栘(木衣)进行高通量转录组测序,使用MIcro SAtellite identification tool (MISA)分析转录组中SSR位点分布类型与特征.组装获得云南移(木衣)111 655条Unigene,并搜索检测到32 360个SSR位点,出现频率为28.98％,分布平均距离为3.76 kb.其中以二核苷酸所占比例最高(46.75％),其次是单核苷酸(34.70％)和三核苷酸(17.10％).在单核苷酸的重复类型中,A/T重复基元占有较大比例(33.01％);二核苷酸各重复类型所占比例差距较大,分别为:AG/CT (39.76％)＞AT/TA (3.71％)＞AC/GT(3.20％)＞CG/CG(0.09％);三核苷酸各重复类型及其所占比例依次为AAG/CTT (4.52％)、AGG/CCT (3.51％)、ACC/GGT (2.33％)、AGC/CTG (2.28％)和ATC/ATG (1.20％),而AAC/GTT、AAT/ATT、ACG/CGT、ACT/AGT、CCG/CGG基元所占比例较低.在云南栘(木衣)转录组中,由于云南栘(木衣)SSR具有高出现频率,高重复类型和高多态性,为其SSR开发和遗传多样性分析等研究提供科学的数据参考.
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