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基因表达分析对于揭示基因功能、了解基因间相互关系、阐明植物生长发育过程中的生理生化调控机制起着至关重要的作用。综述了mRNA差异显示、cDNA—AFLP、基因芯片、EST数据分析、基因表达系列分析（SAGE）等全基因组基因表达分析技术的原理特点及在果树上的应用情况，并介绍了利用全基因组基因表达分析技术开展果树研究的思路。