目的探讨比较人高转移大细胞肺癌细胞株(L9981)和人低转移大细胞肺癌细胞株(NL9980))间蛋白质表达的差异。方法采用固相pH梯度双向凝胶电泳分离L9981细胞株和NL9980细胞株的总蛋白,用图像分析软件比较分析细胞间的差异表达蛋白质。对13个差异表达的蛋白质点通过胶内酶解,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALD-TOF-MS/MS)和蛋白质数据库检索进行鉴定。结果经ImageMaster软件分析后发现有8个蛋白质点仅在L9981中检测到有表达,8个蛋白质点仅在NL9980中检测到有表达,发现19个蛋白质点在两种肺癌细胞株中均存在,其中9个蛋白质点在L9981中表达量显著高于NL9980,10个蛋白质点在NL9980中表达量显著高于L9981(P<0.05)。通过对差异明显的蛋白质点进行质谱鉴定和蛋白质数据库查询,发现线粒体热休克蛋白和谷胱甘肽合成酶在L9981中的表达被上调,P47蛋白、免疫球蛋白重链可变区、烯醇化酶1和真核翻译起始因子3在L9981中的表达被下调,丙酮酸激酶仅在L9981中有表达,WD-40重复蛋白仅在NL9980中有表达。结论人高、低转移大细胞肺癌细胞株蛋白质组的表达存在明显差异,鉴定的差异蛋白质多与肿瘤的侵袭转移相关,这些差异蛋白质有可能为进一步发现与肺癌转移相关的分子标志物和阐明肺癌转移的分子机制提供线索。