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对鰶亚科两种鱼类的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定，分析比较了两种间的序列差异。斑鰶（Konosirus punctatus）16SrRNA基因片段长度为572bp，在3个个体中检测到2个单倍型，花鰶（Clupanodon thrissa）序列长度为575bp，两种间存在30个核苷酸位点（5．2％）的变异。基于木村双参数进化模型得到两种间的遗传距离为0．043。以太平洋鲱和寿南小沙丁为外群构建的NJ树表明，斑鰶和花鰶的亲缘关系较近，而与美洲真鰶（Dorosoma tcepedianu