【摘 要】
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目的验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性。方法用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A*2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A*2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性。结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A*2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具
【机 构】
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浙江中医药大学附属第一医院肿瘤内科,杭州师范大学医学院,浙江中医药大学第四临床医学院,杭州师范大学附属医院肿瘤科
【基金项目】
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国家自然科学基金面上项目(81072495),国家自然科学基金青年项目(82004129),浙江省重点研发计划项目(2017C03053)。
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目的验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性。方法用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A*2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A*2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性。结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A*2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具
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