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分子对接对人结直肠癌HLA-A*2402限制性抗原肽亲和力的预测作用

来源 :中国卫生检验杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户：JEEFHARDY

【摘 要】

：

目的验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性。方法用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A*2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A*2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性。结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A*2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具

【作 者】

：

朱影 高岚岚 施燕飞 葛钻敏 苏萌 黄常新 

【机 构】

：

浙江中医药大学附属第一医院肿瘤内科,杭州师范大学医学院,浙江中医药大学第四临床医学院,杭州师范大学附属医院肿瘤科

【出 处】

：

中国卫生检验杂志

【发表日期】

：

2021年13期

【关键词】

：

结直肠癌 抗原多肽 人类白细胞抗原I类分子 分子对接 亲和力预测 

【基金项目】

：

国家自然科学基金面上项目(81072495),国家自然科学基金青年项目(82004129),浙江省重点研发计划项目(2017C03053)。

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目的验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性。方法用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A*2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A*2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性。结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A*2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具

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