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对41尾感病和22尾抗病兴国红鲤的308个有效克隆进行测序,获得171条不同的MHC Ⅱ类α基因编码序列,分属26个不同的等位基因,其中Cyca-DXA24-Cyca-DXA36为新发现的13个等位基因。MHCⅡ类α基因片段的长度为624 bp,包括第1-4个外显子,分别编码信号肽、α1和α2结构域及连接肽/跨膜区。α1结构域的变异明显大于α2结构域,表现在α1结构域中核苷酸和氨基酸变异位点比例（55.16%和79.76%）明显高于α2结构域的变异位点比例（45.96%和68.42%）。α1结构域的PBR