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自2003年6月三峡水库蓄水以来，库区支流富营养化和水华问题备受关注。对库区12条重点支流2010—2020年的水质、水华监测数据进行了统计分析，结果表明：12条重点支流均发生过典型水华，近几年水华发生次数减少；水华主要发生在3—9月，以蓝藻和硅藻水华为主。暴发水华的根本原因是水体营养盐充足。支流监测数据表明，水体均处于中营养状态及以上。适宜的温度、光照和缓慢的水动力条件则是暴发水华的重要原因。目前，开展营养盐削减是控制三峡库区重点支流库湾水华的根本途径；通过物理方法、化学方法和生物操控方法消除水华的应用尚且较少；而通过水库生态调度抑制水华为可行方法。