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梅毒螺旋体有着独特的基因和蛋白结构，对其基因分型有利于梅毒分子流行病学的研究。梅毒螺旋体缺乏脂多糖与外膜蛋白，但可表达多种脂蛋白，这些脂蛋白同梅毒螺旋体的组织黏附及播散有关，同时可诱导机体发生免疫应答。机体对于梅毒螺旋体的免疫应答过程十分复杂，固有免疫、体液免疫及细胞免疫均在梅毒螺旋体的感染过程中参与了应答过程。Th1型细胞免疫在梅毒的发生发展过程中起重要作用，梅毒患者在局部及系统免疫方面都存在细胞免疫的异常。