【目的】揭示中国扁蓿豆种质资源的遗传多样性,为扁蓿豆种质资源的收集、保护及更好地利用提供参考。【方法】利用15个表型性状(株高、叶长、叶宽、荚果长、荚果宽、种子长、种子宽、千粒质量、花序花朵数、单枝花序数、花序种子数、叶型、花色、叶色和生长习性)和16对SSR标记,检测来自中国7个省(市)的44个扁蓿豆种质资源的遗传多样性。【结果】表型性状分析结果表明,15个扁蓿豆表型性状表现出较大差异;花序种子数、种子长、种子宽和单枝花序数等性状是居群间和居群内差异较大的性状,是造成表型差异的主要因素;表型聚类将44个扁蓿豆划分为8个类群,大部分材料聚在第Ⅱ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明,筛选出16对苜蓿SSR引物,每对引物可以稳定检测到3～10个等位基因,共扩增119条谱带,平均每个位点6个等位基因,多态性比率为80.7%,每对引物产生有效基因96个,平均多态信息含量(PIC)为0.26;16对引物将44个扁蓿豆划分为8个类群,大部分材料主要集中在第Ⅲ类群内。Mantal测验表明,表型性状欧式遗传距离矩阵与SSR标记遗传距离矩阵之间存在极显著正相关,相关系数r=0.013 8,t=0.188 7,表明重要的表型性状能够较准确地反映亲缘相近材料的遗传变异。【结论】中国扁蓿豆种质资源的遗传多样性水平较高。