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利用筛选出的10个简单重复序列间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)引物对两个甘蔗优良品系的基因组DNA进行扩增,共扩增出126条条带,多态性比率分别是81.7%和80.2%。从中筛选出3对带型分布均匀、多态性丰富且分辨能力强的引物,对两个桂热甘蔗品种(系)进行分子标记鉴别。结果表明,两品种间的谱带基本相同,但均存在桂热2号和桂热3号特有的谱带;这表明了两品种间在DNA水平上存在真实的遗传差异,834、844和846引物利用特殊ISSR标记的存在或缺失鉴别了两个桂热甘蔗品种(系)。此结果为后续应用分子标记方法鉴别甘蔗品种及选育新品种提供重要依据。