内地与香港特别行政区签署的《内地与香港关于建立更紧密经贸关系安排》(《CEPA》)及历次粤港台作联席会议所达成的合作项目，很多都与检验检疫工作密切相关，都需要检验检疫机构的直接参与和配合。近年来，广东出入境检验检疫局全力服务粤港经贸交往，切实采取有效措施，进一步改善服务，提高工作效率，积极配合做好优化投资软环境等工作，助推粤港两地经贸合作，实现了粤港问货物、人员的快进快出，为促进粤港两地经贸更紧密合作发挥了重要作用。
　　加快检验检疫监督管理和通关模式改革步伐，构建一个两地人流、物流的来往更为顺畅、优越的口岸通关环境。广东检验检疫局自2006年11月中旬开始，采取六项措施，全面推进检验检疫监督管理模式和通关模式的电子化改革。包括加强组织领导，全面推进检验检疫监督管理电子化工作，全面实施通关电子化即无纸化通关，实施跨关区直通式通关，进一步提高检测能力和速度，适应电子化变革创新的需要，加强计算机网络建设，适应检验检疫电子化和通关模式的电子化要求等，全面提高了供港商品的口岸验放速度。
　　完善口岸疫情疫病预防与控制机制，切实维护粤港两地人民身体健康、经济安全和社会稳定。粤港两地人员往来频繁，广东检验检疫局在尽可能提供方便快捷服务的同时，加强对出入境人员的卫生检疫，进一步加大口岸疫情疫病的检测、检疫和防治工作力度，不断健全完善广东口岸疫情疫病预警、通报和快速反应机制，营造粤港经贸合作的祥和环境。
　　进一步加强一线旅检力量，促进“港澳个人游”健康顺利开展。为确保口岸旅检通道安全畅通，积极做好检验检疫工作人员调配工作，进一步加强了口岸旅检一线力量。充实检验检疫仪器设备，采取应对措施，继续改善传统查验方法，进一步提高了把关成效。广东检验检疫局还利用检疫犬对旅客行李进行查验，明确并简化对红外线测温仪报警的具体处理规程，同时加强现场人流疏导、分流工作，推出协助有困难旅客填写健康申明卡等贴心服务，加快通关速度，保护国境卫生安全。
　　针对粤港两地实际，建立合作机制，构建输港机电产品出口质量把关体制，有效地保证了输港机电产品的质量。根据国家质检总局检验监管司与香港特别行政区机电工程署20 03年签署的《机电产品安全合作安排》，定期召开燃气具、电气产品、电梯和能效产品工作会议，进一步加强突发事件通报机制，建立起相关出口不合格产品案例的调查及反馈工作模式。
　　采取灵活便利措施，全力为粤港跨境大型基础设施建设项目服务。配合做好三条水上客运航线直通香港机场，以提高整体通关效率，为“大珠三角”战略启动后粤港澳三地形成的巨大人流、物流、资金流，建设海陆空并举的“大珠三角”现代化交通网络，致力打造三小时经济圈奠定坚实基础。为确保粤港跨境大型基础设施建设项目顺利地按进度实施，推出“优先报检、简化手续、随到随检、边卸边检”的检验检疫高效便利措施，保证跨界大型基础设施建设所需物资设备既能符合检验检疫要求，及时到位使用，又能节省物资设备进出境环节有关费用，降低工程投资成本。
　　加大科技投入，适应粤港经贸合作需要，为港商投资企业提供优质服务。为适应粤港经贸合作的需要，鼓励港商到广东的山区和东西两翼投资办厂，助推粤港经济一体化，提升“大珠三角”整体竞争力，广东检验检疫局进一步加大科技投入，特别是加大对广东的山区和东西两翼各级检验检疫机构的实验室建设，调配充实相关专业优秀技术人才，利用检验检疫科技创新成果，为港商投资企业提供技术、资讯等全方位服务。
　　积极参与整顿和规范市场经济秩序和打击走私活动，维护粤港两地正常经贸秩序。充分发挥检验检疫行业主管职能，遵循促进发展、规范管理的原则，加大从源头打击非法经济活动的力度，维护正常外贸秩序。
　　广东检验检疫局局长仲德昌表示“服务粤港经济社会发展，是出入境检验检疫部门义不容辞的责任。广东出入境检验检疫局今后将努力在服务两地经贸往来方面发挥更大的作用。同时，将进一步严把口岸质量关，防止疫病疫情、有毒有害物质的传入与传出，维护香港稳定，营造粤港经贸合作的祥和环境。”