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本文以覆盖率、公平性、可及性、人口健康、医疗卫生费用作为衡量农村合作医疗制度绩效的五个指标，考察了不同历史时期下的农村合作医疗制度绩效，发现计划经济时期的农村合作医疗制度绩效最高，正在实施的新型农村合作医疗制度次之，转轨时期的农村合作医疗制度最低。政府与农民的不同行为方式是导致不同时期农村合作医疗制度绩效差异的主要原因。通过引导医疗卫生资源向农村配置，完善农村三级医疗卫生服务体系，规范政府财政投入机制，加快城乡一体化医疗保障制度的衔接，能够提高新型农村合作医疗制度的绩效。