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为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识，进行蛋白质作用位点预测，提出了以蛋白质序列谱作为特征向量，采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发，以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量，采用支持向量机方法构建预测器，来预测蛋白质相互作用位点，预测精度达到70．47％，相关系数CC=0．1919。实验结果表明，利用蛋白质序列谱，结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。