为了解目前河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)S、M基因的遗传变异情况,本研究于2016年1月～2017年4月从河南省不同地区的16个规模化养猪场采集到67份病死仔猪小肠病料,应用RT-PCR进行PEDV检测,选取部分PEDV阳性样品分别进行PEDV S基因部分序列和M基因全序列的扩增、克隆和序列测定,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,16个规模化养猪场67份样品中共有13个猪场的43份病料显示PEDV阳性,阳性率为64.2%,选取的13株PEDV代表株间S基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列同源性分别为97.0%～99.9%和95.9%～100.0%,与经典株CV777同源性分别为94.9%～96.0%和93.6%～95.3%,与Gen Bank中登录的PEDV参考株同源性分别为92.0%～99.6%和89.8%～99.7%。13株PEDV间M基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性为98.2%～99.9%和96.0%～99.6%,与经典株CV777同源性分别为97.2%～98.2%和96.0%～98.2%,与PEDV参考株同源性分别为93.5%～99.6%和91.2%～99.1%。遗传进化分析显示,13株PEDV与中国疫苗株CV777处在不同的分群,与2016年中国福建省PEDV流行株XM1-2处于同一分支,表明河南省PEDV流行株与中国疫苗株亲缘关系较远。本研究结果明确了目前河南省PEDV的遗传变异情况,为河南省PED的诊断和防控提供了参考依据。