建立大学制度，守护大学精神，要正确地处理好三对关系，即大学与政府的关系、大学与社会的关系及大学内部的管理关系。
　　第一是大学和政府之间的关系。中国的大学从发展方向来看，一定会走向大学自治。大学自治不是大学为所欲为，不是大学不受约束。政府可以通过评估、拨款等方式监督大学，但是大学和政府之间不是管理与被管理的关系。那么大学向谁负责呢？在走向法治的时候，大学向法律负责，政府和法律可以给大学划定红线。大学踩越红线，要承担法律后果。最严重的，甚至可以被撤销和解散。我们现在对大学的管理，一定要把“底线”和“顶线”分开，政府的任务不是给大学划“顶线”，每天指挥你必须做什么，而是划“底线”，就是说，要告诉大学哪些是雷区，哪些事情不能做，这就要通过法律来实现。只要是法律不禁止的，大学都可以自由地按照自己的意愿进行选择。
　　第二是大学和社会之间的关系。处理大学和社会之间关系的最重要的问题，就是要处理好大学和出资者的关系。最近日本和韩国所推行的大学法人化改革，政府仍然是出资人，但是现在出资渠道多元了。过去都是政府单方出资，故大学必须服从政府。现在出资渠道多元以后，大学所获得的资金应该认定为是法人财产，出资人的意志就不再决定大学的意志。美国的大学筹资也是多元的，特别是私立大学，那么多的企业和校友捐赠等社会资金进入大学后，就成为大学的财产，其支配使用由大学自主决定。出资人的意志不能主宰和决定大学的意志，出资人的某些符合大学精神的意志可以通过契约来实现。
　　第三就是大学内部的管理关系。内部管理关系的纵向涉及大学和各个院，未来中国大学内部管理改革的重点是，在大学里面以院为单位和重心，不再是大學去办各个院，而是所有的院来共同办大学。如此一来，大学和各个院系之间的关系就应该变大学成一种扁平关系。打个比方，大学校长是制片人，院长是导演，教授是主角，制片人对导演不是领导关系，导演与演员也不是领导关系，制片人出资，导演出思想，教授通过演技来实现导演意图并创造人物形象。这三者的关系处理好，才有可能产生伟大的作品。大学内部的关系也应该是这样，而不是校长去领导院长，院长领导教授，教授领导副教授，副教授领导学生。这样的改革也是高校去行政化面临着的一个考验。