一种快速可变剪接模式搜索算法的研究

来源 :高技术通讯 | 被引量 : 0次 | 上传用户：houjinlei11

【摘要】

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提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延

【作者】

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张欣赵静王庆康曹志伟

【机构】

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上海交通大学微纳科学技术研究院,上海交通大学生命科学技术学院,上海生物信息技术研究中心

【出处】

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高技术通讯

【发表日期】

：

2006年10期

【关键词】

：

可变剪接联配搜索算法 EST alternative splicing alignment search algorithm EST

【基金项目】

：

973计划（2004CB720103）资助项目

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提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得： http：//www.scbit.org/ASDT/.

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