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妨害传染病防治罪是行为人故意实施的危害公共卫生的犯罪,与以危险方法危害公共安全罪可能构成竞合关系.在区分二者时,应当注意结合新冠肺炎病毒的危险性,采取体系解释的原理,区分作为犯与不作为犯,并限制口袋罪的成立范围.在司法实践中,应当注意结合抗拒新冠肺炎疫情防控的行为人及其行为类型、行为引起的公共危险以及行为人的主观过错,分别情况认定为妨害传染病防治罪与(过失)以危险方法危害公共安全罪.本文通过对理论的梳理和大量案例的分析,初步确立区分妨害传染病防治罪与(过失)以危险方法危害公共安全罪的适用规则,也为相关教义学说发展提供有益启示.