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为探讨水稻亚种间的遗传背景及亲缘关系，运用PCR技术扩增并测序了水稻籼亚种的南京11号，9311、广陆矮4号三个品种和粳亚种的秋光、日本晴、爪哇稻三个品种的完整ITS区（包括5.8S区）。供试材料的5.8S rDNA的长度和G/C含量完全一致。ITSI的长度为193-195bp、G/C含量为72.31%-74.38；ITS2的长度为224-232bp，G/C含量为74.46%-76.86%。序列的相似性为94.4%-99.3%。CLUSTAL.W软件排序及分析表明；1）存在4个信息位点把6个品种分为籼粳两