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果树内生菌（endophyte）是指全生活史或生活史中的某一阶段寄生于果树组织中,并对果树本身不造成明显可见病害及功能改变的微生物,由于果树内生菌生态位的特殊性,其相关研究较少。概述了常见果树内生菌分离纯化的方法、有生防作用内生菌的筛选和分类鉴定,以及常见的有生防作用的果树内生菌的应用及作用机理。最后通过与一般生防菌进行比较,分析了使用果树内生菌作为生防菌进行生物防治的诸项优势以及存在的问题,并对其生物防治方面的应用进行了展望。