随着基金规模的扩大和投资领域的拓展，作为促进战略新兴技术发展和企业创新的推动力，政府投资基金资助企业创新的效果究竟如何尚待进一步验证。基于理论基础、传导机制和时间序列方法，文章选取2013年1月至2020年1月政府投资基金投资额与职业发明专利申请数进行实证检验，研究发现：政府投资基金与企业创新之间存在双向时变的因果关系效应，该效应与多种政策、理论机制和管理因素对变量的综合影响存在关联。政府投资基金对于企业创新的影响在政府投资基金发展初期呈现正效应，在产业资助饱和后出现负效应和无效应，并在忽视专利信号反馈和延续静态资助的过程中出现强负效应；企业创新对政府投资基金的影响呈现出显著的时变性和复杂性，表明政府投资基金虽然能够弱化专利信号效应中营利性驱动的影响，但未能对企业的创新产出给予足够关注，资助的动态反馈和绩效评价尚需完善。因此，政府投资基金管理体系应构建动态化的产业信息反馈和创新资助机制，以强化双向因果关系的正向效应，规避负效应和无效应。