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蛋白质通过结合位点与其他分子产生相互作用，所以对蛋白结合位点的预测具有重要的意义．现有许多不同的预测方法，但是这些方法存在命中率低或计算量大的问题，本文引入了一种基于结构比对的蛋白质位点预测方法，同时在结构比对过程中引入同源索引，找出相应的同源模版，并与之进行结构比对，然后将结构相似的模版中的配体映射到目标蛋白质中，采用聚类方法对位点进行分析．结果表明，与其他预测方法相比，本文的方法降低了计算量，并提高了预测精度．