多花黄精Polygonatum cyrtonema 为百合科黄精属植物，其干燥根茎作为黄精药材来源之一，一直药食兼具，其主要活性成分为多糖和皂苷类。现有研究多集中于药材质量与药理药效学评价，对其药效物质的生合成研究报道较少。为进一步探索多花黄精中多糖及薯蓣皂苷生物合成途径及其相关的结构基因，本研究对多花黄精叶、茎、根茎、根4个组织部位进行转录组测序分析。采用BGISEQ-500测序平台，共获得42.03 Gb数据；以Trinity软件对去除冗余后的全部读长进行组装，共获得137 233条转录本，其中68.13%的Unigene在7个功能数据库(KEGG，GO，NR，NT，SwissProt，Pfam，KOG )中得到注释。通过数据挖掘，对可能参与多糖与薯蓣皂苷生物合成的转录本进行分析，阐释了多花黄精中该两类药效物质生合成的可能途径；应用实时定量PCR，将多花黄精多糖及皂苷合成基因的实际转录水平与其生物信息学数据进行比对，验证其表达情况。该实验为多花黄精次生代谢产物生物合成途径研究及其相关结构基因功能的阐明提供数据资料。