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随着工程硕士教育改革的深化,全日制工程硕士人数占理工科院校在校研究生比例不断增大,然而,其培养多是效仿全日制工学硕士的培养模式,与其设置初衷还有很大差距。通过以内蒙古工业大学化学工程领域生物化工方向全日制工程硕士校企合作培养为例,对基于校企合作全日制工程硕士培养过程中所涉及的培养目标、课程设置、导师制度规范、学位论文选题和论文研究过程指导等环节进行探析,并展示基于校企合作的工程硕士培养效果,以期为提高该类研究生的培养质量提供借鉴。