系统评估地方鸡的遗传变异水平并追溯其母系起源,可为保护利用优质家禽种质资源库提供科学依据。本研究测定了广东省和邻省共12个地方鸡品种的线粒体DNA D-loop序列,分析品种间的遗传距离与系统关系,并构建单倍型系统发生树和中介网络图。360份样品共检测到60个突变位点,均为转换。定义了85种单倍型,归属于单倍型类群A、B、C和E,在12个鸡品种中均有分布,其中B是优势单倍型类群(187个,51.94%),E次之(76个,21.11%)。B02和C01是优势单倍型(85个,23.61%;48个,13.33%),为12个鸡品种共有;E03位居第三(35个,9.72%),杏花鸡、黄郎鸡和宁都三黄鸡未见此单倍型。杏花鸡集中分布在单倍型类群B,惠阳胡须鸡和中山沙栏鸡则主要分布在单倍型类群E;怀乡鸡的单倍型数量最多,中山沙栏鸡的最少。广东地方鸡品种间遗传距离为0.012–0.015,单倍型多样性0.805±0.047至0.949±0.026,核苷酸多样性0.0102±0.0017至0.0138±0.0009。邻接树和中介网络图将85种单倍型划分为进化枝A、B、C和E,广东省与邻省地方鸡单倍型的地理分布模式相似。中性检验显示广东地方鸡未经历明显的群体历史扩张。结果表明广东地方鸡处于较好的保护状态,遗传多样性水平较高,品种的形成受到邻省和北方家鸡的影响,东南亚红原鸡对广东地方鸡也有重要的遗传贡献。