红菇属(Russula)是红菇科(Russulaceae)中种类最为丰富的属,常与树木共生形成菌根。红菇属的许多种类具有重要的经济价值,可供食用或药用,但有些种类有毒,甚至剧毒,误食会严重损害健康甚至致死,因此,种类的正确鉴定具有重要的意义。目前鉴定红菇种类的方法包括形态鉴定及分子鉴定。形态鉴定法主要依据菌盖形状和色泽、菌褶特征及着生方式、菌柄形态、孢子形态、颜色及表面纹饰、糊状反应等。但红菇属近缘种间形态差异较小,且常存在过渡形态现象,而有些广布种又常具有较大的形态变异,从而导致形态鉴定难于把握甚至是鉴定错误。近年来分子生物学方法成为真菌种类鉴定的重要辅助手段,常见的方法有如ITS,LSU,SSU、RPB2测序和RAPD等方法。本论文以采集自云南的15种红菇(19个样品)为研究材料,通过采用ITS、LSU、SSU测序对采集到的样品进行了分子鉴定,并以多汁乳菇作为外类群用最大简约法对它们进行了系统发育分析。主要研究结果如下：①在进行分子鉴定时,ITS及LSU序列能够将不同种的红菇区分开来,但SSU序列不能区分不同种类的红菇,因此SSU序列不适合进行红菇的系统学研究及鉴定。②第19号样本形态鉴定结果为紫绒红菇；但NCBI的ITS序列和LSU序列的比对结果均为橙色口蘑；基于ITS的系统发育分析结果显示,19号样本与紫绒红菇聚在一起,且支持率较高(94%)；基于ITS及LSU的系统发育分析结果显示,19号亦同13号的紫绒红菇聚在一起,且支持率较高(100%),因此推测美国国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information,NCBI)的ITS序列及LSU序列的鉴定结果可能有误。③由于ITS和LSU序列进化速度较快,在进行红菇属内种间分子系统发育分析时有足够的变异位点,能够得到较好的结果,而SSU进化速度较慢,用于属内系统发育分析时缺乏足够的变异位点,难于分析种间系统发育关系,但用于较高分类群(如属间、科间)系统发育分析时可以得到较好的结果。④在基于ITS片段构建的系统发育树中,淡黄红菇Russula flavida、鳞盖红菇R.lepida、红色红菇R.rosea、沼泽红菇R.paludosa、葡酒红菇R.vinosa、褪色红菇R.decolorans聚为一大类(支持率89%)。葡酒红菇与褪色红菇不能完全分开,平行的聚为一小支(支持率98%),二者又与沼泽红菇及红色红菇聚为一支。金红菇R.aurea与灰红菇R.grisea不能完全分开(支持率72%),又与臭红菇R.foetens相对于其他16种红菇独立地聚为一支(支持率100%),并且处于一个较早的进化地位。在基于LSU片段构建的系统发育树中,变绿红菇Russula virescens与鳞盖红菇R.Lepida不能完全分开(支持率99%)。葡酒红菇与褪色红菇不能完全分开,平行的聚为一小支(支持率96%),二者又与沼泽红菇聚为一支(支持率51%),三者再与红色红菇聚为一大支(支持率70%),此结果与基于ITS构建的系统发育树得出的结果基本一致。拼接ITS和LSU序列,构建的系统发育树中,葡酒红菇R.vinosa与褪色红菇R.decolorans不能完全分开(支持率99%),此结果与基于ITS构建系统发育树的结果一致。二者又与沼泽红菇聚为一支(支持率75%),三者又与红色红菇R.rosea聚为一大支(支持率97%),说明葡酒红菇、褪色红菇、沼泽红菇、红色红菇的亲缘关系较近,此结果与基于ITS构建的系统发育树和基于LSU构建的系统发育树得出的结果一致。金红菇、灰红菇、臭红菇不能分开(支持率100%),此结果与基于ITS构建的系统发育树结果相似,说明三者具有较近的亲缘关系。