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肺炎链球菌的自然转化与其自身的染色体基因突变有着密切联系.研究发现,调控肺炎链球菌发生转化的关键基因是操纵子comCDE,它调控肺炎链球菌产生感受态,从而能获取外源基因.comC的产物CSP可诱导基因comDE的表达,而comE可反过来诱导comC的表达.comAB有修饰和运输comC的转录及翻译产物的作用.ciaRH则有抑制comC表达的作用.comE可通过诱导comX表达,从而诱导一系列的基因表达使细菌发生转化.一些环境因素可影响肺炎链球菌自然转化的发生.氧气可通过基因nox调节肺炎链球菌的转化发生,