生物完整性指数(index of biotic integrity,IBI)已被广泛运用于河流生态系统的健康评价。然而,目前基于微生物的IBI评价方法很少,针对城市河道的相关研究更是缺乏。本研究采用Illumina高通量测序技术,对浙江省内5条城市河道的微生物群落多样性及组成进行了分析。通过典型相关分析(canonical correlation analyses,CCA)和Spearman相关性分析水质对微生物组成的影响,明确受水质变化影响显著的微生物类群,与特定功能菌群一并作为备选指标。对备选指标进行分布范围、判别能力及Pearson相关性分析,筛选出香农多样性指数、微生物分类单元数、疣微菌门相对丰度、绿菌门相对丰度和分支杆菌属相对丰度等参数指标,初步构建了适合浙江城市河道的微生物生物完整性指数(microbiome index of biotic integrity,M-IBI)指标体系。采用比值法对生物指标计分,评价结果显示:总计22个样点中,9个样点为“健康”等级,占总样点的40.9%;10个样点为“亚健康”等级,占总样点的45.5%;2个样点为“一般”等级,占总样点的9.1%;1个样点为“较差”等级,占总样点的4.5%。各采样点M-IBI值可有效反映水体受干扰程度,且与水质状况基本吻合(R=0.753,P<0.01),表明M-IBI可以较合理地评价城市河道生态系统健康状况。