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设计合成两对覆盖PCV2基因组奎长的引物，对PCV2分离株S2、P11、L进行全基因测序。将所测序列与GenBank上已公布的PCV2毒株序列进行同泺性比较，并绘制系统发育进化树。结果显示。所测毒株与其它地城的24株PCV2分离株的基因组序列同源性很高。3个分离株之问的奎基因核苷酸同源性在95.4％-99.3％。序列分析表明欧洲分离株和美洲分离株分别构成PCV2的两个夫的分支：欧洲系和美洲系。S2、P11属于欧洲系，L属于美洲系。