【摘 要】
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[目的]基因复制及随后的功能分化是基因组和物种演化的重要驱动力.植物特有的转录因子家族SPL(SQUAMOSA-promoter binding protein like)广泛参与调控植物生长发育及响应逆境
【机 构】
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南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南京林业大学林学院,南方现代林业协同创新中心,江苏 南京 210037
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[目的]基因复制及随后的功能分化是基因组和物种演化的重要驱动力.植物特有的转录因子家族SPL(SQUAMOSA-promoter binding protein like)广泛参与调控植物生长发育及响应逆境胁迫,为研究重复基因的起源方式和进化命运提供了良好的研究系统.本研究对葡萄(Vitis vinifera)、番木瓜(Carica papaya)、毛果杨(Populus trichocarpa)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)4种模式植物的SPL基因家族开展基因复制及功能分化分析,为进一步研究SPL基因功能、预测种属特异性的功能基因提供系统进化角度的参考.[方法]利用SBP特征结构域,鉴定葡萄、番木瓜、毛果杨和拟南芥4种模式植物中SPL基因家族成员,并利用最大似然法构建系统进化树.基于物种内、物种间基因组共线性,分析SPL基因家族发生基因复制的方式及差异保留情况,并计算保留的SPL直系和旁系同源基因的同义、非同义替换率,分析功能分化情况.[结果]在4种模式植物中共鉴定出SPL基因73个,其中42个是miR156的靶基因.系统进化分析显示:73个SPL基因聚类为9个主要分支,miR156靶向SPL基因成簇聚集在6个主要分支;Clade I中SPL基因编码的2个锌指结构基序为C4和C2 HC,而其余8个分支中SPL基因的锌指结构基序由C3H和C2 HC组成.大规模基因组复制事件(片段复制或全基因组复制)是SPL基因家族发生基因重复的主要方式.根据基因组复制事件推算,15个古基因位点理论上应复制出的360个位点中,83.6％的重复位点发生丢失或演化成非SPL基因.本研究鉴定出旁系同源基因17对,直系同源基因27对,且所有旁系和直系同源基因的Ka/Ks(非同义替换率和同义替换率之比)值均小于1.[结论]在不同物种中保留下来的SPL直系同源基因受到较强的纯化选择,在功能上具有保守性;同一物种中保留下来的SPL旁系同源基因在进化过程中维持部分功能冗余,但在组织表达偏好性和蛋白功能上已呈现出不同形式的分化.
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