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对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示：4只绿头鸭12S rRNA基因序列完全一致，其全长为985bp，碱基A、G、T、C含量分别为31．47％、21．12％、19．09％和28．32％。以白额雁和潜鸭为外群，分别用邻近法和最小进化法构建了系统进化树，结果表明：绿头鸭与斑嘴鸭和北京鸭关系密切，三者共享1个单倍型，它们之间可能存在较为广泛的基因交流。除此之外，绿头鸭与绿翅鸭关系较近，与琵嘴鸭关系较远，罗纹鸭与赤颈鸭关系较近，河鸭属与潜鸭属的亲缘关系要近于与雁属的亲缘关系。