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不同施肥及秸秆还田方式对土壤微生物数量及分布有很大影响。从微生物总数看，秸秆翻埋处理JH3〉常规处理JH1〉秸秆全层还田处理JH2；分层施肥秸秆表面覆盖处理BH3〉分层施肥保护性耕作处理BH1〉干混施肥保护性耕作处理BH2。秸秆还田有利于土壤微生物数量的增加，其中秸秆全层还田对于微生物总数的增加不明显，但有利于耕作层土壤中放线菌数量的增加。保护性耕作和秸秆表面覆盖只进行土壤表层耕作造成了土层的“上富下贫”，保护性耕作有利于土壤0-10cm土层内微生物数量的提高。