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由于人民法院内部职能分工和行政行为公定力效力的缘故,人民法院在运用民事诉讼程序审查行政登记纠纷时会陷入难以有效裁判的困境。在民事诉讼中,考虑到行政登记行为的有效与否依赖于合法性悬而未决的民事法律关系,人民法院应当以效力待定为由排除行政登记行为的证据效力,并对行政登记纠纷进行独立判断。由此作出的民事裁判应当作为行政机关变更行政登记的依据。只有这样,人民法院才能将及时有效的解决行政登记纠纷,真正实现定分止争。