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小麦黑胚病病因复杂，链格孢（Alternariaalternata）、麦根腐平脐蠕孢（BipolarisSorokiniana）、层出镰刀茵（Fusariumproliferatum）等多种真菌是引起小麦黑胚病的主要病原。有限的研究报告显示，小麦对黑胚病的抗性具有数量性状特征，QTL定位研究尚处于初级阶段。目前报道的小麦抗黑胚病QTLs位于1D、2A、2B、2D、3D、4A、5A、7A等多条染色体上。小麦第2部分同源群携带了较多抗病QTLS，与这些QTI．S连锁的分子标记有gwm319（2B）、gwm34