边际机会成本理论为水资源合理定价奠定了坚实的理论基础,成为水资源定价的有效工具。通过对水资源定价理论与边际机会成本模型的论述与研究,以南疆水资源定价为例,对比分析了南疆的供水成本与水价。结果显示:(1)目前南疆平均水价为0.023 6元/m~3,远低于供水成本(0.07元/m3);(2)根据边际成本理论,重新确定的水价为0.068 4元/m3,较原水价0.023 55元/m3可提高0.044 85元/m~3,新水价处于南疆农民可以接受的范围,占收入的7%,占收益的8%。研究认为,新疆南疆水资源价格远低于其供水成本,水价的提升存在一定的空间,同时水资源定价不能单纯以水资源成本为依据,合理的水资源定价体系应该考虑时空的灵活性,最终提高农户的收益,以达到资源与经济的可持续发展。