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棉花是重要的纤维作物,天然彩色棉具有环保、健康等优点.为保障新疆彩色棉品种权益,快速准确鉴定品种,加快品种 选育进程,本研究利用分子标记技术为27 份新彩棉品种构建DNA 指纹图谱和专属二维码,并进行遗传多样性分析.利用筛 选出的52 对多态性高、带型清晰稳定的分子标记,在27份彩色棉品种共扩增出155 个多态性带型,每对引物检测到的多态 性带型个数变幅为2～7, 平均为2.98;52 对引物的多态性信息含量（Polymorphism information content,PIC） 值为0.137 1～ 0.776 4,平均值为0.454 3.27 份新彩棉品种中,12 个品种具有特征SSR（Simple sequence repeat,简单重复序列）引物,7 对SSR 引物组合可将其他15 个品种区分开;用9 对引物组合即可将27 个新彩棉品种完全区分开.利用NTSYS 2.1 软件聚类分析显 示,27 个新彩棉品种遗传相似系数为0.573 3～0.955 9,平均值为0.764 6,表明现有新彩棉品种遗传基础较丰富,绿色棉遗传 多样性较棕色棉更高;聚类分析显示27 个新彩棉品种可分为3 类,品种间的亲缘关系与原品种选育系谱较为吻合.