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利用14个微卫星标记对云南茶花鸡12个家系的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量以及家系间的亲缘关系进行了分析。结果表明：共检测到99个等位基因，每个位点的等位基因分布并不均匀，再对12个家系进行分析，将其聚为3类，一类为Z-1，Z-2，Z-3，Z-4，Z-5。Z-6．B-1，一类为Z-7，Z-8，Z-9，Z-10，矮脚系B-2自成一类，这表明了家系间的遗传相似性，同时我们对特殊的矮脚系B-2进行了相关的探讨，最后我们提出了对茶花鸡保种的相关建议。