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用22个SSR分子标记对13份甬优系列杂交水稻组合及其亲本材料和6份籼粳对照种进行分析，共获得87个等位基因，每对引物扩增的等位基因数为2～8个。所有供试材料间均检测到了差异，从而建立起甬优1号～甬优6号杂交水稻组合及其亲本的DNA指纹图谱。聚类分析结果表明，9份供试材料与3份粳稻对照种聚于一类，属粳稻；4份供试材料与籼稻对照种IR36聚于一类，属籼稻。这与形态分类结果基本一致。从分子水平确认了杂交水稻甬优6号和甬优4号为籼粳亚种间杂交稻。