当下,在实践当中,大股东由于所持公司股份多,对公司的决策形成重要影响,而中小股东由于地位弱小,无法与大股东形成抗衡,由此造成中小股东利益被侵害的例子屡见不鲜。虽然,在新《公司法》中规定了累积投票权、股东诉讼权等条款,加大了对中小股东权利的保护,但保护力度有限,还是无法有效避免这一现象。而公司章程作为治理公司的行为规范,自治性是章程的最大特性。因此,笔者认为,在公司法允许的范围内,利用公司章程自治是有效保护中小股东利益的一个有效途径。本文分为四章。第一章是公司章程自治,通过对公司章程的概念、性质、公司章程自治的内涵进行探讨,分析出公司章程自治的作用与价值,它是一种全体股东合意下的意思自治,是一种私法自治,体现了社会的公平、正义价值。第二章是中小股东权利保护概述,探讨出什么是中小股东,以及中小股东在公司章程中处于怎样的法律地位;并且,通过对比中日《公司法》对中小股东保护的立法现状,为中国对于此问题的探讨提供参考和借鉴。第三章是中小股东权利与公司章程自治,主要分析了中小股东在实践中权利被侵害的主要原因。第四章是利用公司章程自治保护中小股东权利的具体措施,该章主要是基于对前三章的分析,利用公司章程自治性的特点,提出一系列保护中小股东利益的具体措施。笔者希望通过对此问题的研究,能够对现实生活中处理中小股东权益的问题提供借鉴,为平衡公司、控股股东与中小股东之间的利益提供一条切实可行的做法,为公司的高效运转发挥作用,最终促进我国经济的快速发展。